在葡萄酒酿造的不同时期，葡萄汁和葡萄酒中可检测到一些种属微生物。倒如，在葡萄酒中可以发现酿酒酵母、酒香酵母和片球菌等。由于微生物具有广泛的多样性，酿造过程常涉及一系列微生物的变化。

通常，在葡萄酒酿造中首先出现的是非酿酒酵母(，接着是酿酒酵母，通常由酿酒酵母来完成酒精发酵过程。主发酵结束后，酒酒球菌或其他乳酸茵启动苹果酸一乳酸发酵。在葡萄酒陈酿期问也会发现一些其他酵母和细菌，部分微生物常导致葡萄酒腐败。

相差显微镜下观察到的(A)酿酒酵母，(B)酒香酵母，以及(C)在葡萄酒酿造的特定阶段，由哪种或哪类微生物占主体地位受多种因素影响，这包括原有的微生物状况、葡萄采收前状况(湿度、由于鸟类或采收造成的损坏、杀真菌剂的使用、葡萄成熟度等)。此外，葡萄汁、葡萄醪、酒厂的清洁程度、环境卫生状况、微生物代谢产物间的相互作用等也起着十分重要的作用。

葡萄酒中酒不同时期微生物的生长曲线

(A)非酿酒酵母；(B)酿酒酵母；(C)酒类酒球菌；(D)腐败微生物或细菌许多证据证明微生物能够以一种“存活但无法培养(VBNC)”状态存在，使得我们更加深入地理解葡萄酒酿造过程中的微生物生态。根据定义，处于VBNC状态的微生物虽不能在培养基中生长，但仍能表现出较低的代谢活性。通常，渗透压、温度、溶解氧浓度等外界压力可诱导微生物VBNC状态。

由于葡萄酒酿造期间，可能无法检测到处于VBNC状态的微生物，从而在分析微生物群落动力学时会得出一些错误结论。在葡萄酒中发现的能够进入VBNC状态的微生物有醋化醋杆菌、酒香酵母、星形假丝酵母、植物乳杆菌、酿酒酵母和拜氏接合酵母等。