1、生物显微镜的安放应选择干燥清洁的房间，以避免光学部件发霉、金属部分生锈以及粘满灰尘。显微镜使用完毕后，即放回箱(柜)内，或用玻璃罩、塑料套罩住，并放入干操剂。

2、不要自行拆卸各部件;镜筒要插上目镜或目镜盖，避免灰尘从镜筒上部进入;透镜表面不要用手指碰触或拭擦，如有灰尘，先用柔软毛笔轻轻拂去，再用柔软的清洁细布拭撩，也可用擦镜纸蘸少许二甲苯或石油醚擦拭，但注意不要在透镜表面划出条纹。如镜片有轻度长霉，用擦绕纸擦不去时，可用棉签蘸少许70%乙醇与30%乙醚混合液轻轻擦拭。

3、生物显微镜不可与腐蚀性酸类、碱类或挥发性强的化学药品放在一起，以免被腐蚀，缩短使用年限。原则上，当观察含液体的标本时，一般都要盖上盖玻片;若液体中含有酸、碱等腐蚀性化学物质时，应把盖玻片的四周用石蜡或凡士林封住，然后观察。但由于进行中药显微鉴定时，经常要用这一类试剂，不可能都封固，因此要特别小心，防止液体流到载物台上，更不要沾到物镜上。

4、生物显微镜不应在直射阳光下暴晒，也不要放在靠近炉子或暖气的地方，以避免过度的冷热变化引起透镜和机件的脱胶、变形或损坏。

5、清洁接物镜只限于外表面。接物面被药品污染后用拭镜纸蘸少许擦镜液拭擦(不要用乙醇);若背面需清洁时，可用柔软毛笔拂拭，或用皮吸头吸去灰尘。

6、转动粗调焦比细调焦动作要缓慢，不要压碎盖被片，以防止物镜和集光器受控击而损坏。

7、使用油镜后，须将镜头上的香柏油擦拭干净(可用擦镜纸蘸少许二甲苯拭擦，但注意二甲苯不能渗入镜头内部，否则二甲苯溶解透镜之间的粘合剂，可使镜片脱落)。

8、反光镜镜面要保护清洁，不要使水、二甲苯或香柏油透入，以免反光镜的水银脱落。

9、若机械部分不灵活，可用细绸布蘸二甲苯少许：拭去锈和油腻(不得用乙醇，因为这些溶剂会侵蚀油漆)，再用少许液体石蜡润滑;旋扭过紧不要强行扭动，以免损坏。

10、有时在生物显微镜的视野中发现有污点或异物，可先转动目镜，如果这些污点跟着旋转，则可确定污点是在目镜上;否则，可移动标本片，如污点跟着移动，则污点是在标本片上。如果两者都不是，则污点是在物镜上，可先检查物镜的前镜头，然后检查后镜头。根据不问情况进行清洁处理。

有时视野的一部分不清晰，这可能是物镜或目镜的前透镜表面有指印或灰尘，也可能是标本片做得不好或显微镜用法不当，如照明系统末调好等原因，应查明情况，分别解决。

11、生物显微镜用毕后，应将各部分擦拭干净，再将物镜转成八字形，然后将镜筒和集光器下降固定，再将反光镜的镜面垂直放置。